Tai tikras keliauninkas po Europą – prieš tai jis buvo aptiktas Šveicarijoje (2012 m.), Prancūzijoje (2016 m.) ir Vokietijoje (2017 m.).

Šį itin retą paukštį metaliniu žiedu su užrašu „Lithuania HA00094“ 2012 m. birželį Kuršių marių Kiaulės nugaros saloje ties Klaipėda paženklino šviesios atminties ornitologas, ilgametis Kauno T. Ivanausko zoologijos muziejaus Juodkrantės aplinkos tyrimų laboratorijos vadovas Vytautas Pareigis.

Iš viso mūsų šalyje iki šiol sužieduoti tik devyni juodagalviai kirai (visi – dar neskraidantys jaunikliai): septyni Kuršių marių Kiaulės nugaros saloje ir du Kalvių karjeruose Klaipėdos rajone. Penkis iš jų sužiedavo Vytautas Pareigis.

Lietuvoje juodagalviai kirai stebimi pajūryje ir vidaus vandenyse. Perintys rasti Papio ežere (Šalčininkų r.) ir Kuršių mariose bei gretimuose vidaus vandens telkiniuose. Paprastai pavienės šios rūšies poros peri rudagalvių kirų kolonijose. Mūsų šalyje kasmet peri ne daugiau kaip 4-5 juodagalvių kirų poros.